CM : Présentation par fonction des grandes familles de microorganismes, dynamique des communautés microbiennes fonctionnelles et leur réactivité, et description des méthodes d’études des microorganismes (approches génétiques, milieux spécifiques gélosés, …)
TD aliment : Modélisation de la croissance des microorganismes, introduction à la microbiologie prévisionnelle. Etude de cas sur l’altération des aliments. Méthodes de détection et de typage. Les critères microbiologiques sur les aliments – Travail sur les textes du Codex Alimentarius et sur des exemples de textes réglementaires.
TP aliment : Détection et typage des microorganismes pathogènes dans les aliments
TD/TP eau et sol : caractérisation de la microflore du sol, , interactions entre flux d’éléments (C et N), disponibilité et dynamique microbienne, caractérisation des activités microbiennes et limites, altération microbienne des minéraux et importance en milieu non anthropisé (ex : forêts).
Les associations microbiennes impliquées dans les cycles biogéochimiques des principaux éléments dans le continuum eau-sol